发酵工程 是利用微生物的特定性状和功能，通过现代化工程技术生产有用物质或直接应用于工业化生产的技术体系。它是将传统发酵技术与现代的DNA重组、细胞融合、分子修饰和改造等新技术相结合并发展起来的发酵技术。发酵工程的内容包括菌种的选育、培养基的配制、灭菌、扩大培养和接种、发酵过程和产品的分离提纯等方面。
发酵工程的应用非常广泛，包括氨基酸发酵、有机酸发酵、抗生素发酵、酒精发酵、维生素发酵等多种类型。随着科学技术的进步，发酵技术已经发展到了现代发酵工程阶段，能够人为控制和改造微生物，使其为人类生产更多的产品，如药品、农用生产资料、化学工业产品等。
发酵工程不仅是生物工程的一个重要分支，也是现代生物技术的重要组成部分，具有广阔的应用前景。它与化学工业、医药、食品、能源、环境保护和农牧业等许多领域关系密切，对它的开发有很大的经济效益。