日本飞东京的飞行时间主要取决于起飞地点和所选择的航线。以下是一些常见起点和航线的飞行时间：
从北京出发
成田机场：约2小时零55分钟。
首都机场：约3小时。
从上海出发
浦东机场：约2小时。
虹桥机场：约2小时15分钟。
从广州出发
广州白云机场：约3小时。
从香港出发
香港国际机场：约2小时。
从台北出发
台北桃园机场：约1小时50分钟。
综上所述，日本飞东京的飞行时间大致在 2小时到3小时30分钟之间，具体时长可能会因航班、天气和机场跑道情况等因素有所变化。建议提前查询航班信息以获取最准确的飞行时间。