工资分两次发放可能有以下几个原因：
避税目的
公司可能通过分两次发放工资来减少应缴纳的个人所得税。一次性发放较大金额的工资可能会超过个人所得税的免征额，而分两次发放可以降低每次的金额，从而减少税负。
合理避税
工资作为综合所得，适用超额累进税率，不同的收入部分可能适用不同的税率。公司可能将工资拆分为不同的部分，以适用较低的税率。
节约成本
对于一些小企业或作坊，分两次发放工资可以降低社保、公积金等固定成本，因为这些通常基于工资总额来缴纳。
员工协议
如果用人单位与员工之间有明确协议，在固定时间内分两次发放工资是有效的。
操作便利
有时，分两次发放可能是出于出纳或会计操作上的便利。
其他原因
还可能是出于对员工激励的考虑，如将一部分工资作为奖金在月底发放。
需要注意的是，无论工资如何发放，根据税法规定，月资总额必须合并当月进行计税。