代理记账费用通常应计入管理费用科目。管理费用是企业行政管理部门为组织和管理生产经营活动而发生的各项费用，包括与日常运营相关的各种支出。代理记账作为一种服务，企业支付给代理记账公司的费用属于因接受服务而产生的管理性质费用，与企业的日常销售活动或筹资活动关系不大，因此应列入管理费用。
具体的会计分录可能如下：
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借：管理费用-代理记账费
贷：银行存款
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或者
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借：管理费用-服务费/办公费
贷：库存现金或银行存款等科目
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请注意，根据不同的会计政策和实际情况，可能会有所不同。