员工辞职后，工资应当在 辞职时一次性结清，并根据实际出勤天数进行计算。具体依据如下：
法律依据
《工资支付暂行规定》第九条明确规定，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《劳动合同法》第五十条也指出，用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
工资结算方式
辞职后的工资计算方式一般为月工资除以21.75乘以实际出勤天数。
如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
支付形式
工资应当以法定货币形式支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。
用人单位应将工资支付给劳动者本人，如果劳动者本人因故不能领取工资，可由其亲属或委托他人代领，用人单位也可委托银行代发工资。
支付时间
用人单位应当在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资，实践中一般在每个月的固定发放日期结算清离职前的工资。
特殊情况
如果劳动者在试用期内辞职，用人单位应当按照劳动者的实际工作天数折算工资。
如果用人单位违法解除劳动合同，除了支付正常工资外，还需要支付经济补偿金。
综上所述，员工辞职后，用人单位应依法一次性结清其工资，并在解除或终止劳动合同时支付。如果劳动者因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定扣除相应赔偿，但需遵守相关法律规定，确保扣除部分不超过劳动者当月工资的20%。