在新疆昌吉，共有三所大学，其中两所是本科院校，一所是专科院校。具体如下：
昌吉学院：
昌吉学院是一所公办全日制普通本科高校，坐落在新疆维吾尔自治区昌吉市。它成立于1959年，前身是昌吉师范学校，2001年5月升格为昌吉学院。
新疆农业职业技术大学：
新疆农业职业技术大学也是一所公办全日制普通本科高校，位于新疆昌吉市。这所大学是国家示范性高职院校，并且是新疆“高等职业教育与本科教育联合培养应用本科人才”试点高校。
昌吉职业技术学院：
昌吉职业技术学院是一所公办全日制普通专科高校，同样位于新疆昌吉市。该学院是新疆首批“示范性高职院校”，并且具有单独招生资格。
综上所述，昌吉的三本大学为 昌吉学院和 新疆农业职业技术大学，而 昌吉职业技术学院为专科院校。