民办大学和公办闽台合作专业在多个方面存在明显差异：
学费
公办高校的学费相对较低，一般在4000~6000元之间。
民办高校的学费较高，通常比公办高校高出2~5倍，甚至更高。
教育资源
公办高校的教学资源较为均衡，教育资源差异较小，且因拥有财政拨款，可以吸引更多的高层次人才。
民办高校的师资力量取决于学校的资金实力，资金雄厚的民办高校可以请到实力较强的老师，但整体教育资源相对较弱。
学习氛围和诚信度
公办高校的学习氛围、诚信度和负责任程度通常较高，因为它们受到国家大力发展高等教育和教学质量高压政策的影响。
民办高校在这些方面可能相对较弱，但具体情况还需看学校的办学主体和社会口碑。
社会认可度
公办大学的社会认可度普遍较高，各专业学费较便宜。
民办大学的社会认可度相对较低，但这也取决于具体学校的办学质量和专业设置。
毕业证
公办高校的毕业证与公办二本基本一致。
民办高校的毕业证在形式上与公办高校可能有所不同，但具体差异需参考各校的官方说明。
建议
如果重视教育资源、学习氛围和诚信度，且家庭经济条件允许，建议选择公办高校的闽台合作专业。
如果更看重专业兴趣和未来就业前景，且家庭经济条件较好，可以考虑民办高校中办学主体和社会口碑较好的学校。
综合考虑以上因素，选择适合自己的高校和专业，能够更好地实现个人发展。