昆山拥有多所大学，其中包括：
昆山杜克大学：
由美国杜克大学和中国武汉大学合作创办的中外合作大学，提供通识博雅教育。
苏州大学应用技术学院：
苏州大学的二级学院，提供多个本科专业及专业方向。
硅湖职业技术学院：
由美籍华人梁顺才博士创办，是江苏省内较早的民办高校之一。
昆山登云科技职业学院：
由台湾士投资举办的全日制普通高等专科院校。
苏州托普信息职业技术学院：
提供各类职业技能培训。
此外，昆山还有苏州大学昆山校区、江苏科技大学昆山校区和东南大学昆山校区等高等教育机构。
昆山大学城还在建设中，未来可能会有更多的教育机构入驻