南昌工程学院最好专业包括：
水利水电工程：
该专业是南昌工程学院的国家级特色专业，也是学校的王牌专业之一，在全国和全省的排名都很高，就业率高达90%以上，多数毕业生能够进入国有企业工作。
机械设计制造及其自动化：
该专业从省级特色专业升级为国家级特色专业，反映了其在教学质量和科研水平上的持续提升。
电气工程及其自动化：
该专业在多个排名中均表现优异，是学校的优势专业之一，毕业生可以在电力公司、制造业、交通运输业等领域从事电力系统设计、设备维护、自动化控制等工作。
计算机科学与技术：
该专业涉及计算机科学、数学和工程学的交叉学科，学生将学习计算机体系结构、操作系统、数据结构与算法、计算机网络等核心课程，并掌握软件开发、系统设计和计算机应用能力，毕业生可以在科技公司、金融行业、政府部门等从事相关工作。
数据科学与大数据技术：
这是一门涉及多个领域的交叉学科，主要研究数据科学和大数据技术的基本理论、方法和技术，毕业生可以在互联网公司、金融行业、科技公司等领域从事数据分析、数据挖掘、数据可视化等工作。
土木工程：
该专业被评为省级特色专业或一流本科专业建设点，显示了学校在该领域的深厚积累和较高声誉。
水利工程：
该专业也是学校的优势专业之一，毕业生在水利工程领域有广泛的就业前景。
这些专业在教学质量和就业前景方面都有很好的表现，建议根据个人兴趣和职业规划选择适合的专业。