清华大学在研究生阶段拥有众多强势专业，以下是一些排名靠前的专业：
理学
应用物理学：第2名
化学：第10名
生物科学：第3名
生物技术：第2名
工学
高分子材料与工程：第1名
材料科学与工程（工科引导性专业）：第1名
工业设计：第1名
机械工程及自动化（工科引导性专业）：第1名
测控技术与仪器：第1名
热能与动力工程：第1名
核工程与核技术：第1名
电气工程及其自动化：第2名
自动化：第1名
电子信息工程：第1名
计算机科学与技术：第1名
电子科学与技术：第1名
生物医学工程：第3名
建筑学（工科引导性专业）：第1名
土木工程：第2名
建筑环境与设备工程：第1名
给水排水工程：第1名
水利水电工程：第3名
环境工程：第1名
化学工程与工艺：第1名
工程力学：第1名
人文社科
数量经济学：第1名
思想政治教育：第1名
中国少数民族语言文学：第1名
其他专业
计算机科学与技术：国内外享有盛誉，培养了大量优秀的计算机科学家和工程师。
电子工程：在国内具有很高的声誉，培养了许多优秀的电子工程师和科研人员。
机械工程：在国内处于领先地位，培养了许多优秀的机械工程师和研究人员。
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