民办大学毕业生档案的登记方式通常有以下几种：
民办大学档案馆：
学生毕业后可以将档案存放在学校设立的档案馆，学校负责保管。
个人保管：
部分民办大学允许学生自行保管档案，毕业后可以将档案带回原籍或根据需要自行存放。
政府相关部门：
学生可以选择将档案存放在当地人事档案管理部门，如人才市场或人才交流中心。
办公室保管：
有些民办大学允许学生在毕业后将档案存放在学校办公室，由学校代为保管。
请注意，档案的存放和登记可能因学校政策和地区差异而有所不同，建议直接咨询您的民办大学了解具体的档案处理流程和规定。