三本院校的学生在报考研究生时，可以选择以下一些大学：
吉林大学 、 云南大学、 湖南大学、 东北大学、 哈尔滨工程大学、 黑龙江大学、 武汉大学、 华中科技大学、 中南大学等。
江南大学太湖学院、 四川师范大学文理学院、 浙江工业大学之江学院、 华中科技大学武昌分校、 浙江大学城市学院、 武汉科技大学中南分校、 浙江大学宁波理工学院、 武汉大学东湖分校、 北京师范大学珠海分校、 中南民族大学工商学院、 燕山大学里仁学院、 华中科技大学文华学院。
山东中医药高等专科学校、 南阳医学高等专科学校、 湖北中医药高等专科学校、 重庆三峡医药高等专科学校、 渭南职业技术学院、 保山中医药高等专科学校、 黔南民族医学高等专科学校、 肇庆医学高等专科学校。
重庆人文科技学院、 重庆工程学院、 重庆南方翻译学院。
独立学院：
一些独立学院经过规范后，成为了具有良好办学条件和较高教育质量的学校，例如浙江大学宁波理工学院、北京师范大学珠海分校等。
民办高校：
民办高校与公办高校相比，其办学机制更加灵活，专业设置更加市场化，例如江南大学太湖学院、四川师范大学文理学院等。
国际合作办学：
一些高校开设了国际合作办学项目，这些项目通常与国外高校有合作关系，学生可以获得中外双方的教育资源，例如浙江大学宁波理工学院、北京师范大学珠海分校等。
高技能人才培养学校：
这些学校注重培养学生的实际操作技能，专业设置与市场需求紧密相连，例如武汉科技大学中南分校、浙江大学宁波理工学院等。
总的来说，三本院校的学生在报考研究生时，可以选择一些国内知名高校，尤其是那些注重学生综合能力和实践技能培养的学校。同时，也可以考虑一些独立学院和民办高校，这些学校虽然起点较低，但通过努力同样可以获得优质的研究生教育和广阔的发展前景。