南京的二本大学包括以下几所：
南京工程学院：
以工程技术为主攻方向的工科型二本院校，江苏省属高校，近年来在工程学科方面成绩显著。
南京晓庄学院：
以师范教育为特色的公办本科院校，历史悠久，培养了大量优秀教师。
南京信息工程大学：
虽然为民办，但在信息技术领域享有高声誉，是国家级示范性软件学院。
南京审计大学：
以审计专业为独特优势，毕业生就业率保持高位。
南京邮电大学（应用科学学院）：
依托南京邮电大学的教育资源，培养了大量通信和信息科技人才。
南京理工大学：
江苏省知名的理工科大学，创建于1953年，被认为是南京市的重要高等教育机构之一。
南京林业大学：
江苏省知名的林业大学，创建于1902年，是国家“211工程”重点支持大学。
南京财经大学、 南京医科大学、 南京工业大学等：这些高校在各自的领域具有优势，虽然具体排名和特色略有不同，但都是南京市的重要二本院校。
建议在选择南京的二本大学时，可以根据自己的兴趣和专业需求，综合考虑学校的学科优势、师资力量、就业情况等因素。例如，对于工程类专业的学生，南京工程学院和南京理工大学可能是较好的选择；对于师范类专业的学生，南京晓庄学院则更为合适。