基因工程专业的大学排名在不同时间和不同机构评比中有所变动，以下是一些较为可靠的排名信息：
北京大学
综合排名：第1名
清华大学
综合排名：第2名
上海交通大学
综合排名：第3名
中国农业大学
综合排名：第4名
浙江大学
综合排名：第5名
华南理工大学
综合排名：第6名
华东理工大学
综合排名：第7名
江南大学
综合排名：第8名
北京化工大学
综合排名：第9名
复旦大学
综合排名：第10名
这些排名综合了不同年份和不同机构的评比结果，因此排名可能会有所变动。建议学生在选择基因工程专业时，可以综合考虑学校的综合排名、专业实力、师资力量和科研条件等因素。