三本院校的大学改革主要涉及以下几个方面：
合并与批次取消
全国一本、二本和三本院校将进行合理化的合并，未来将只分为本科院校和专科院校，不再按照一本、二本等批次进行划分。
教育教学改革
三本院校的教学改革要创新，不能只进行形式上的改革，而要大刀阔斧地进行创新，勇于尝试，培养真正综合能力强的创新人才。
教学改革创新需要对本校的教学结构进行研究、分析，制订适合自身特色的教学改革创新方案。
培养目标与模式
改名前，三本院校主要培养从事大众需求的中等技能人才；改名后，加入了本科阶段教育，强调应用和实践性，培养目标方向更加多元化。
三本院校在管理制度、专业设置、师资队伍、教学质量等方面也会有一些变化，更加注重与当地企业和产业的合作。
转型与定位
三本院校可以转型为“国有民办”大学，借鉴民办大学的办学机制，自主经营、自负盈亏，主要靠按教育成本收取学费和国家少量投入来维持运转。
转型后的三本院校与现有民办大学不同的是，其固定资产、设备、办公教学楼都是国家投资形成的，国家具有控股权和管理权。
招生与就业
三本并入二本招生会大大拉低二本线，使得更多考生有机会读公办的二本院校。
三本院校的教学改革需要提升学生学习的主动性，使教学相长，找出一条适合三本院校的改革之路。
学部制改革
例如，郑州师范学院启动学部制改革，整合学科资源、优化学科结构布局、推动体制机制改革纵深发展。
这些改革措施旨在促进三本院校的发展，提高教育质量，培养更多适应社会需求的应用型人才。建议三本院校在改革过程中，注重内涵式发展，加强与产业和社会的联系，提升自身的竞争力和影响力。