宁波工程学院设有多个二级学院，包括但不限于以下几个：
建筑工程学院：
学校最早创办的两个院系之一，拥有教职工56名，在校学生1400余人。
杭州湾汽车学院（机械工程学院）：
与同济大学共建，2014年正式迁入杭州湾新区办学，拥有4个本科专业，教职工90余人。
成人教育学院：
提供成人专科、本科等学历教育、远程教育，并开展继续教育。
经济与管理学院：
前身为经济管理系，重点发展会计学、国际经济与贸易、市场营销、国际商务等专业。
电子与信息工程学院 、 建筑与交通工程学院、 材料与化学工程学院、 理学院、 人文与艺术学院、 外国语学院、 国际交流学院：
这些学院涵盖了电子、建筑、材料、理学、人文、语言、国际交流和继续教育等领域。
宁波工程学院是一所理工类大学，提供全日制普通本科教育，并拥有硕士学位授予权