南京市拥有多所设有研究生院的大学，具体包括：
南京大学：
南京大学是中国著名的综合性大学，拥有多个研究生院，涵盖文学、历史、理学、工学、农学等多个学科领域。
东南大学：
东南大学是一所具有悠久历史的知名高校，其研究生院涵盖了土木工程、交通运输工程、生物医学工程等学科。
南京农业大学：
南京农业大学在农业学科领域具有较强实力，其研究生院提供多样化的研究生教育项目。
南京师范大学：
南京师范大学是国家“双一流”建设高校和江苏高水平大学建设高校，其研究生院成立于2011年。
南京理工大学：
南京理工大学是一所具有军事背景的大学，提供多个研究生专业。
南京航空航天大学：
南京航空航天大学以航空航天为特色，其研究生院涵盖航空宇航科学与技术、力学、控制科学与工程等学科。
南京医科大学：
南京医科大学在医学领域有深厚的学术积淀，其研究生院提供医学相关专业的研究生教育。
南京工业大学：
南京工业大学在工程领域有较强实力，其研究生院提供工程相关专业的研究生教育。
南京邮电大学：
南京邮电大学在通信和信息技术领域有较高声誉，其研究生院提供相关专业的研究生教育。
南京审计大学：
南京审计大学在审计和财务领域有专业优势，其研究生院提供相关专业的研究生教育。
南京林业大学：
南京林业大学在林业和生态环境领域有较强实力，拥有多个硕士学位和博士学位授权点。
中国科学院大学南京学院：
该学院由中国科学院大学与南京市人民政府共建，开展研究生教育，重点推进与在苏部省属重点高校实施“卓越研究生”联合培养计划。
这些大学在各个学科领域都有一定的研究生招生规模，拥有一流的师资力量和研究条件，为广大学子提供了优质的研究生教育资源。建议学生在选择研究生院校时，可以综合考虑各大学的学科优势、师资力量和研究设施，以找到最适合自己的学术环境。