二本大学和三本大学的主要区别体现在以下几个方面：
办学层次和性质
二本大学：通常是普通公办本科院校，它们在高考中的录取批次为第二批。二本大学包括省属本科院校和一些重点建设的普通本科高校。
三本大学：主要是民办本科院校，包括独立学院和民办普通本科高校。三本大学在高考中的录取批次为第三批。
学费
二本大学：学费相对较低，通常在3000至4000元/年之间。
三本大学：学费较高，一般学费在1万元/年以上，有些地区甚至更高。
社会认可度
二本大学：由于是公办高校，社会认可度较高，就业时相对容易获得认可。
三本大学：由于以民办性质为主，社会认可度相对较低，就业时可能会受到一定程度的歧视。
教学资源和设施
二本大学：通常拥有较为完善的教学设施和较强的师资力量，校园规模较大，教育质量较高。
三本大学：教学设施和师资力量相对较弱，校园规模较小，部分学校甚至没有自己的独立校园。
毕业证书和学士学位
二本大学：毕业证书和学士学位证书由国家颁发，不标明几本，只表明是本科。
三本大学：毕业证书和学士学位证书由独立学院颁发，证书上会注明独立学院名称。
学生基础质量
二本大学：录取的学生通常基础较好，学习能力和综合素质较高。
三本大学：录取的学生基础相对较弱，但具体情况因学校而异。
总的来说，二本大学和三本大学在办学层次、性质、学费、社会认可度、教学资源和设施、毕业证书和学士学位以及学生基础质量等方面存在明显的差异。考生在选择高校时，可以根据自己的兴趣、家庭经济条件和职业规划，综合考虑这些因素。