昌吉学院和新疆工程学院都是新疆维吾尔自治区属全日制公办普通本科院校，两所学校在多个方面存在一些差异：
地理位置
昌吉学院位于新疆维吾尔自治区昌吉市，昌吉是新疆维吾尔自治区的县级市、五线城市。
新疆工程学院位于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市，乌鲁木齐是新疆维吾尔自治区的首府、三线城市。从地理位置上看，新疆工程学院的地理位置更为优越。
占地面积
昌吉学院的占地面积为1209亩。
新疆工程学院的占地面积为1929亩。因此，新疆工程学院在占地面积上更大一些。
校区数量
昌吉学院有2个校区：北京路校区和世纪大道校区。
新疆工程学院有4个校区：艾丁湖路校区、南昌路校区、天津路校区和北京路校区。新疆工程学院的校区数量比昌吉学院多2个。
发展历程
新疆工程学院创办于1958年，前身为新疆煤矿学校，至今已有65的办学历史。
昌吉学院升格为本科院校的时间为2001年，2018年获批为硕士学位授予单位，目前未取得博士学位授予权。
新疆工程学院升格为本科院校的时间为2012年，目前未取得硕士、博士学位授予权。从发展历程上看，昌吉学院升格为本科院校及获批为硕士学位授予单位的时间比新疆工程学院早。
师资力量
昌吉学院现有专任教师1014人，其中高级职称332人，占比32.7%，硕士、博士学位教师793人，占比78.2%。
新疆工程学院的师资力量数据未提供，但可以从其历史悠久和办学层次上推测其师资力量较强。
建议
地理位置：如果考虑地理位置，新疆工程学院更为优越，位于首府乌鲁木齐，有更多的就业机会和资源。
占地面积和校区数量：新疆工程学院在占地面积和校区数量上更有优势，有利于学生的生活和学习。
发展历程和师资力量：昌吉学院在升格为本科院校及获批为硕士学位授予单位的时间较早，且师资力量较强，尤其是硕士、博士学位教师比例较高。
综合考虑，两所学校各有其优势。如果你更看重地理位置和校园规模，新疆工程学院更为合适；如果你更看重学校的办学历史和师资力量，昌吉学院可能更适合你。建议你可以进一步了解两所学校的具体专业设置、就业情况以及个人职业规划，以便做出更为明智的选择。