二本大学通常比三本大学学费低的原因主要包括：
资金来源不同
二本大学是公立大学，其办学经费主要来源于国家财政补贴。
三本大学多为民办或独立学院，没有国家财政拨款，主要依赖学生学费来维持运营。
办学目的不同
公立大学（包括二本）的主要目的是培养人才，不以盈利为主要目的。
民办或独立学院（三本）的办学目的之一是盈利，学费成为其重要的收入来源。
国家支持差异
二本大学享有国家的大力支持，包括财政补贴、政策优惠等。
三本大学通常不会享受到同等的财政支持，需要自负盈亏，因此学费较高。
教育资源和条件
公立大学通常拥有更优质的教育资源和教学条件，这些由国家财政支持。
三本大学虽然条件可能也不错，但为了吸引学生，往往需要较高的学费来支撑其较高的办学标准。
需要注意的是，虽然二本大学的学费相对较低，但三本大学的学费也不低，且三本大学提供的教育机会对于许多学生来说同样具有吸引力。