澳门大学认可三本学历。根据澳门大学对于硕士学位课程申请者的要求，申请人需要具有学士学位或经澳门大学认可的同等学历。因此，三本学历是可以申请澳门大学的。
然而，需要注意的是，虽然澳门大学接受三本学历，但申请者需要满足一定的条件，如平均成绩达到一定的要求，以及需要提供英语能力证明等。同时，如果想申请澳门其他院校的研究生，同样需要满足相应的申请条件。
综上所述，三本院校的学生可以申请澳门大学的研究生课程，但需要具备一定的学术成绩和英语能力。建议申请者在申请前仔细了解澳门大学的具体要求，并努力提高自己的综合竞争力。