南京的三本大学在专业选择上，可以考虑以下几个热门且具有优势的专业：
机械类：
如机械设计及自动化、机械工程等专业，这些都是南京理工大学的王牌专业，就业前景广阔。
电子电器类：
如电子信息工程、电气工程及其自动化等专业，这些专业实用性较强，就业率较高。
自动化：
自动化专业是南京理工大学的优势专业之一，就业前景广阔。
计算机科学与技术：
计算机专业也是南京理工大学的强势学科，就业前景较好。
国际经济与贸易：
此专业就业前景较好，适合对经济类感兴趣的学生。
英语：
英语专业是热门专业，适合对外语感兴趣的学生。
法学：
法学专业适合对法律感兴趣的学生。
经济学：
经济学专业是南京财经大学等学校的优势学科，就业前景较好。
管理学：
管理学专业适合对管理感兴趣的学生。
语言文学类：
如汉语言文学等专业，适合对文学感兴趣的学生。
天文学：
天文学专业较为独特，培养具备天文学和相关数学、物理学基础知识的高级专业人才。
建议学生在选择专业时，结合自己的兴趣和职业规划，同时参考各个学校的优势专业，选择最适合自己的方向。此外，建议学生多了解各个学校的具体专业设置和就业情况，以便做出更为明智的选择。