新疆轻工职业技术学院包含的学院有：
1. 食品与生物技术分院
2. 纺织技术分院
3. 化工技术分院
4. 机械技术分院
5. 电气技术分院
6. 建筑与材料技术分院
7. 信息与软件分院
8. 经济与管理分院
9. 语言与国际合作分院
10. 环境与资源分院
11. 人文与艺术分院
12. 继续教育学院
13. 公共基础部
14. 预科部（中职部）
此外，新疆轻工职业技术学院还设有中泰学院、统一食品学院、美猴王学院、华为ICT产业学院等企业冠名产业学院。
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