三本大学存在的问题主要包括以下几个方面：
学历认可度低
三本大学的学历含金量相对较低，很多企业和用人单位对其认可度不高，导致毕业生在就业市场上面临较大困难。
学费昂贵
三本大学多为私立学校，学费较高，一般家庭难以承担，这使得很多学生选择公办且学费较低的大专院校。
教学资源投入不足
三本大学通常办学条件较差，教学经费投入不足，教学设施和师资力量较为匮乏，影响教学质量。
毕业生就业难度大
由于学历层次模糊，三本大学毕业生的就业定位不清晰，面临来自本科和专科毕业生的竞争压力，就业难度较大。
考研率低
三本院校的考研率相对较低，且一般没有保研资格，这限制了其学生进一步深造的机会。
学习氛围不佳
社会上普遍对三本大学存在偏见，认为其学习氛围不如一本和二本大学，影响学生的学习积极性和动力。
管理难度较大
三本大学数量众多，管理难度较大，且由于多为私立学校，学校在建设和运营上面临较大负担。
与时代要求匹配度不高
三本大学的设置与新时代人才培养的需求不太吻合，需要进行改革与调整。
思想政治教育工作薄弱
三本院校在思想政治教育方面存在明显问题，需要提高认识，加强学生的思想政治教育工作。
教材建设不适应社会需求
三本高等医学院校的教材内容与社会需求脱节，编写理念不适应应用型高级专门人才的培养。
综上所述，三本大学在学历认可度、学费、教学资源、毕业生就业、考研率、学习氛围、管理、时代匹配度、思想政治教育以及教材建设等方面均存在较为突出的问题。为解决这些问题，三本大学需要进行一系列改革措施，包括提高教学质量、优化管理、加强思想政治教育、改善教材内容等，以提升其教育质量和学生的综合素质。