民办大学的自考专科和高职在多个方面存在差异：
教育性质
自考专科：自考专科是通过自学考试获得的专科学历，属于成人继续教育的一种形式。它不要求全日制的学习方式，学生可以根据自己的时间安排进行学习并通过考试来获取毕业证书。
高职：高职是统招范围内的全日制教育，学生需要通过高考或中职升学进入高职院校，学习时间为全日制，毕业后获得的是国家承认的全日制专科学历。
含金量与认可度
自考专科：虽然自考专科是国家承认的学历，但其在社会上的认可度相对较低，特别是与全日制本科学历相比。自考专科通常需要学生有较强的自学能力和自律性。
高职：高职学历在就业市场上通常具有较高的认可度，因为它是全日制教育，且学生在校期间接受的是系统的专业教育。
学习方式
自考专科：学生可以自主选择学习方式，包括自学、网络学习等，学习时间和地点相对灵活。
高职：学生需要按照学校的教学计划进行全日制学习，包括课堂授课、实验、实习等。
毕业要求
自考专科：学生需要通过国家统一的自学考试，通过所有规定的课程考试，才能申请并获得毕业证书。
高职：学生需要完成学校规定的所有课程学习，并通过考试，最后获得由学校颁发的专科学历证书。
建议
如果主要为了获取学历且时间较为灵活，可以考虑自考专科。
如果希望获得更高级别的学历且在全日制环境中学习，高职可能是更好的选择。
请根据个人情况和职业规划，综合考虑以上因素，选择最适合自己的教育路径。