三本院校毕业生是有学士学位证书的。无论是通过参加全国统一高考录取的本科生，还是通过高等教育自学考试、成人高等教育、电大开放教育等方式获得本科毕业证书的学生，只要毕业考试成绩合格且在校表现良好，就可以获得学士学位证书。
尽管三本院校通常是民办高校，但它们也是国家承认的普通高等学校，因此其毕业生所获得的学士学位证书在国家和国际上都具有相同的认可度。
需要注意的是，有些三本院校可能会对学位证书的获取设定一些额外条件，例如英语过四级或专业成绩达到一定学分等，这些要求需要学生在校期间达到。此外，独立学院的三本毕业生在获得学士学位证书时，需要按照独立学院的规定和程序进行申请和考核。
综上所述，三本院校的毕业生是有学士学位证书的，但具体获取条件和程序可能因院校而异。建议学生在报考三本院校时，详细了解并确认相关学位授予要求。