截至2024年，交通运输部直属的高校排名如下：
大连海事大学
排名：第一
特点：交通运输部直属的全国重点大学，国家“211工程”重点建设高校，国家“双一流”世界一流学科建设高校。拥有教授326名，专职博士生导师144名，1个国家级教学团队，10个省级教学团队。在学科建设上有2个国家重点学科，13个省部级重点学科，2个省重点培育学科，其中交通信息工程及控制、轮机工程是王牌专业。
中国民航大学
排名：第二
特点：民航学科门类齐全的高等学府，直属中国民用航空局，是世界上规模最大的民航高等学府。建立于1951年，至今已有70年的历史。师资力量上有民航相关岗位资质证书或具有民航企业实践经历的“双师型”教师489人，3个市级教学团队。
中国民用航空飞行学院
排名：第三
特点：位于四川省广汉市，是中国民用航空局直属的高等学校。