南京的二本专转本大学包括以下几所：
南京工业大学
南京工程学院
南京林业大学
南京晓庄学院
金陵科技学院
南京特殊教育师范学院
三江学院
东南大学成贤学院
南京航空航天大学金城学院
南京理工大学紫金学院
南京审计大学
江苏第二师范学院
南京工业职业技术大学
南京财经大学红山学院
南京传媒学院
南京动力高等专科学校
南京工业职业技术学院
南京特殊教育职业技术学院
江苏联合职业技术学院
江苏海事职业技术学院
南京交通职业技术学院
南京化工职业技术学院
江苏农林职业技术学院
南京铁道职业技术学院
南京信息职业技术学院
南京机电职业技术学院
正德职业技术学院
应天职业技术学院
建议在选择专转本院校时，可以综合考虑学校的办学实力、专业特色以及个人兴趣和发展方向，选择最适合自己的学校。