民办大学毕业生档案的处理方式如下：
学校保存
毕业生档案可以暂时放在学校，但学校只能保存两年。如果两年后还没有找到接收档案的地方，档案可能会被打回原籍，存在丢失的风险。
人才市场
如果毕业生没有找到工作单位接收档案，可以将档案存放在当地的人才市场。人才市场是政府部门，具有档案保管权，并提供转正定级等服务。建议一旦找到工作，要及时办理就业手续，以便及时进行转正定级和正式调动。
户籍地人社局
民办大学毕业生的档案一般会转递到毕业生户籍所在地的人社局进行保存。由于民办大学通常没有三方协议，因此需要将学生档案转递回学生户籍所在地的人社部门。
派遣证
民办大学没有派遣证，这是正规统招全日制大学才有的。因此，档案需要和以前的档案一起存放在户口所在地或其他城市的人才市场。
自考档案
如果在校期间参加了自考并获得了自考证书，自考办会发给你自考专或本科的登记表和审定表等，这些可以作为你的档案。民办大学的档案可能不被承认，因此建议将自考档案与之前学历档案一起存放在人才市场。
补办档案
如果档案丢失，需要按照以下步骤补办：
开具遗失证明并找学校或相关部门开具。
提交补办申请，并手写一份申请，由老师签字盖章。
补办学籍材料，包括成绩单、毕业生登记表、学位授予通知等。
补办高中档案，确保档案的完整性。
审核并密封所有材料，交给学校就业指导中心登记录入并存档。
建议
及时存放：无论是否找到工作，建议尽快将档案存放在人才市场或户籍地人社局，以避免档案丢失或变成死档。
保持联系：与学校保持联系，了解档案的保存情况和补办流程，确保档案的完整性和安全性。
补办流程：如果档案丢失，要按照规定的流程及时补办，确保所有材料齐全并加盖公章。