南京的民办大学中，部分学校已经进行了改制。以下是具体的改制情况：
南京理工大学紫金学院
该学院已经传出转设消息，拟更名为金陵理工学院（暂定）。
办学性质为民办非盈利，校区仍使用现有的校区（栖霞区文澜路89号）。
过渡期间，由南京理工大学和社会力量共同持股管理，转设后南理工也会继续支持金陵理工学院，保持一定程度的合作。
应天职业技术学院
根据教育部公布的高校名单，应天职业技术学院是一所民办专科学校。
2019年8月，应天学院的办学主体变更为南京市江宁区人民政府，办学性质由民办变更为公办，相关变更手续正在积极推进中。
其他民办学校
为贯彻国家《关于规范民办义务教育发展的意见》，南京的五所民办学校进行了更名，但这并不涉及改制，只是名称变更。
南京大学金陵学院
该学院是南京大学的独立学院，根据教育部规定，今年年底要提出转设方案或者进行转设更名，可能转为公办、民办或终止办学。
综上所述，南京的民办大学中，南京理工大学紫金学院和应天职业技术学院已经进行了改制，分别转设为民办本科高校和公办高校。其他民办学校仅进行了名称变更。