合肥的三本大学中，公办与民办的主要区别体现在以下几个方面：
办学主体和管理模式
公办三本：由各大高校负责管理，民间投资建校的一种三本模式。公办三本依托本部的资源，学生与公办二本学生共同就读，拿同样的学位。
民办三本：通常由社会力量举办，包括企业、社会团体或个人等。民办三本院校自主管理，独立运营，其毕业证是国家承认的。
经费来源
公办三本：办学经费主要来源于国家拨款或地方财政经费，学费相对较低，一般在5000元/年左右。
民办三本：办学经费主要靠自筹，包括企业投资等，因此学费较高，一般在1万元到3万元之间，甚至更高。
社会认可度
公办三本：由于有政府支持和社会认可度较高，通常被认为是更具权威性和社会地位的。
民办三本：虽然也属于国家承认的学历，但在社会认可度上相对较低一些。
师资和管理
公办三本：师资力量通常较强，部分教师来自本部或其他重点高校。
民办三本：师资力量相对较弱，但有些非企业性民办院校能够聘请到高薪的重点大学教师。
管理上：民办三本院校为了生存和发展，通常管理较为严格。
就业前景
公办三本：由于社会认可度较高，毕业生在就业市场上通常具有较大优势。
民办三本：虽然社会认可度较低，但如果学生成绩优秀，有些民办学校与公办院校合作，有机会拿到公办院校的学位，从而提高就业竞争力。
总的来说，选择公办三本大学还是民办三本大学，主要取决于个人的志向、家庭经济条件以及对未来职业发展的规划。公办三本大学在资源、社会认可度和就业方面通常具有较大优势，但学费较低；而民办三本大学在学费方面较高，但提供更多的自主性和选择性。