三本大学与普通本科（包括一本和二本）之间的区别主要体现在以下几个方面：
录取批次顺序
一本（包括重本、普本）为第一批次录取。
普通二本为第二批次录取。
普通三本为第三批次录取。
教育层次与性质
普通一本、二本、三本都属于“普通高等学校”教育系列，学制都为四年，毕业证书和学位证书都是相同（相等）水平的，不标明几本的，只表明是本科。
一本主要是公办范畴的，二本大多数也是公办范畴的，但有少数属于民办范畴。三本主要是指独立学院、民办高校、少数公办本科高校的部分专业以及少数本科高校的中外合作办学专业等，多数是民办范畴的。
学费
一本（包括重本、普本）和二本相对学费较少，一些转设二本的学费也相对稍高一些，普通三本院校的学费相对也稍高一些。
社会认可度
无论是普通一本、二本还是三本，毕业生都将获得国家、国际上、社会上都承认的相同（相等）水平的“普通本科学历证书”。
培养目标与侧重点
一本高校（985、211高校）重理论研究。
普通本科高校（普通一本、二本、三本高校）重理论实践应用。
普通三本院校在管理上实施相对独立的教学组织和管理，有独立的校园和办学设施，毕业证书和学位证书通常是由该独立院校自行签发。
企业认可度
在一些注重文笔工作的单位，传统一本、二本院校的学生较为吃香。
普通三本院校的学生在专业技能和实践能力方面表现较好，适合需要专业人才的企业单位，但在一些注重文化修养和理论知识的企业，一本或二本院校的学生可能更受欢迎。
政策变化
我国已经在两年前取消了三本批次，三本院校变成了独立院校，与二本、一本大学相比并没有本质的区别，学制都是四年，但三本的学费较贵。
综上所述，虽然三本大学与普通本科在录取批次、学费等方面存在一些差异，但它们在本质上都属于普通本科教育层次，毕业生所获得的毕业证书和学位证书都是相同水平的。建议学生在选择高校时，可以综合考虑自身的兴趣、专业特点以及未来的职业规划，选择最适合自己的学校。