民办大学通常采用的组织结构包括以下几个方面：
董事会：
作为最高决策机构，负责制定学校的发展战略和重大决策。
校长：
作为学校的法定代表人，负责学校的日常管理工作，并设有副校长协助校长处理学校事务。
职能部门：
包括教务处、学生处、科研处等，分别负责教学、学生管理、科研等工作。
学术委员会：
负责学术事务。
纪律检查委员会：
负责纪律监督。
此外，民办大学在管理上通常采用家族式管理结构，教师与管理人员分工不甚明确，学校其他教学资源不固定。
这种组织结构保证了学校的正常运作和长远发展，同时民办大学在招生、教学、科研等方面具有自主权，但也要遵守国家相关法律法规。