怀化最好的三本大学有以下几所：
怀化学院：
位于湖南省怀化市，是一所由湖南省人民政府举办、湖南省教育厅主管的全日制普通本科院校。怀化学院前身为1958年创办的黔阳师范专科学校，历经怀化师范专科学校、怀化师范高等专科学校等阶段，2002年升格为全日制普通本科院校，更名为怀化学院。
湖南医药学院：
坐落于湖南省怀化市，是一所国家公办的全日制普通医学本科院校，直属湖南省教育厅，入选卓越医生教育培养计划。学校肇始于1912年，前身为留美归国、著名医学教育家创立的长沙红十字会看护训练所，1924年正式建立长沙仁术护病学校。1961年从长沙搬迁至安江建立黔阳地区卫生学校，1984年搬迁至怀化并更名为怀化地区卫生学校。2000年升格为怀化医学高等专科学校，2014年5月经教育部批准升格为湖南医药学院。
怀化师范高等专科学校：
在2024年怀化的大学排名中位居第三。
建议：
怀化学院和 湖南医药学院都是怀化地区较为知名的三本大学，分别侧重于不同的学科领域，分别是师范和医学。
怀化师范高等专科学校在师范类专业方面也有较高的声誉。
根据你的兴趣和职业规划，可以选择其中一所学校进行报考。