南沙区目前有多所大学和教育机构，其中包括但不限于以下几所：
香港科技大学南沙分校：
位于广州市南沙区高铁庆盛站旁，是一所合作筹备设立的大学，于2023年开始招收本科生。
香港科技大学霍英东研究院：
位于资讯科技园内，为研究院性质。
牛津大学（广州）创新发展中心：
位于南沙开发区，作为联络处。
上海海事大学粤港澳大湾区供应链研究院：
同样位于南沙区，为研究院性质。
广州交通大学 、 广东医科大学（海东校区）、 广州美术学院（佛山校区）、 嘉应学院紫琳学院：
这些是新建的本科院校。
中国科学院大学广州学院：
位于明珠湾大桥西侧，预计将规划建设为一所大学。
香港恒生大学中心：
计划在深圳前海和广州南沙设立，具体位置尚未公布，但将开展教学和研究活动。
南沙区还在不断引进优质教育资源，包括华南师范大学附属学校、广东外语外贸大学附属学校等，以提升教育竞争力。