我国民办高校存在多种运行模式，以下为主要的四种模式：
注入发展模式
由国内外资金雄厚的公司、企业集团或个人投资办学。
可分为三种类型：
国有大企业投资主体创办的民办高校，如上海机械进出口集团投资的上海对外经贸进修学院。
乡镇和私营企业投资主体创办的民办高校，如山东淄博市万杰集团投资1亿元创办的万杰医学院。
海外华人或企业投资或捐资创办的民办高校，如缅甸爱国华侨吴庆星先生出资3亿元创办的泉州仰恩大学。
改制运作模式
由国家、地方政府或行业部门主办并承担教育经费的学校，在学校原所属关系不变的基础上，以一定的方式转给独立法人承办，按民办管理机制自筹资金、自我管理、自主发展。
例如，黑龙江东亚大学就是通过对齐齐哈尔市第一机床厂职工机电学院改制而成的。
附属运行模式
以附属学院的形式，依托公立院校而存在和发展，如公立大学的附属二级学院。
滚动发展模式
靠学杂费节余滚动发展，建立在少量资金投入或三无（无先期投资、无自建校舍、无专职教师）基础之上，依靠学费，以生养学，艰苦奋斗，逐步积累。
此外，民办高校在运行过程中还需要注意以下方面：
共同治理模式：政府、学校和社会各方共同参与、共同决策、共同管理民办高校，形成“政府主导、学校自主、社会参与”的治理格局。
内部运行机制：需要健全董（理）事会制度，贯彻落实校长负责制，建立内外监督机制，完善和创新内部激励机制。
教学模式与管理模式：根据民办高校自身特点，探索实施切合民办高校办学实际的学分制教学模式与管理模式，以有效落实应用型人才培养目标。
这些模式各有特点，民办高校可以根据自身的实际情况和发展需求，选择适合的运作模式，以实现可持续发展。