民办大学毕业生在处理档案存档时，有以下几种选择：
学校档案馆
毕业后可以将档案存放在学校档案馆，学校负责保管。
个人保管
部分民办大学允许学生自行保管档案，毕业后可以带回原籍或根据需要自行存放。
政府相关部门
可以选择将档案存放在当地人事档案管理部门，如人才市场或人才交流中心。
办公室
有些民办大学允许学生在毕业后将档案存放在学校办公室，由学校代为保管。
用人单位
如果毕业后去机关、事业单位、国有企业就业，由用人单位出具接收函或调档函，学校将档案转递到用人单位保管。
人才服务中心
对于民营、合资、外资企业或不具备档案管理权限的用人单位，可以选择在户口所在地或工作单位所在地的人才服务中心存档。
第三方机构
可以找专门搞档案管理的第三方机构帮助存档。
合并档案
如果之前有档案托管到人才中心或工作单位，收到档案后应原封不动地带去办理档案合并。
无论选择哪种存档方式，都应确保档案的安全，避免遗失或损坏，并提供必要的身份证明和相关材料。如果档案在个人手中，需要确保档案密封完整，并通过正式渠道转递到具有档案管理权限的单位。
需要注意的是，档案转递通常需要公对公转递，任何有档案管理权的单位都有权拒收自持的档案。如果单位不能接收个人手中的档案，可以尝试联系原毕业学校，看学校是否愿意协助将档案转递到人才中心。