巴南区内的二本大学包括：
重庆理工大学：
简称重理工，位于重庆市九龙坡区杨家坪街道兴胜路4号，是重庆市重点建设高校，拥有多个专业，其中汽车车辆工程专业在西南地区开设较早且录取分数线较高。
重庆工程学院：
位于重庆市巴南区南泉街道白鹤林16号，是一所工学为主的全日制普通本科高校，得到中央财政支持，设有多个本科专业，面向全国招生。
重庆财经学院：
位于重庆市巴南区龙洲湾街道尚文大道906号，由重庆鸥鹏科技股份有限公司举办，是一所非营利性全日制民办普通本科高等学校。
建议：
重庆理工大学作为重庆市重点建设高校，拥有较强的师资力量和学科实力，尤其是汽车车辆工程专业，值得优先考虑。
重庆工程学院和 重庆财经学院虽然为民办或应用型本科院校，但在某些专业领域也有较强实力，可以根据个人兴趣和职业规划进行选择。