文昌大学在不同校区的性质有所不同：
中国矿业大学文昌校区：
是一本大学。中国矿业大学是教育部直属的全国重点大学，文昌校区是其主要校区之一，拥有完善的教学设施和优质的师资力量，注重工程技术和矿业领域的教学与研究。
武汉文昌学院：
是二本大学。武汉文昌学院（通常指武汉文理学院）是经国家教育部批准的全日制普通本科高等院校，是一所面向全国招生的民办普通本科高校。
海口文昌学院：
目前被归类为本科普通类院校，但尚未被划分到教育部的本科院校分级中，因此其层次需要根据教育部的相关评估结果和学校的综合实力来综合判断。
综上所述，文昌大学在不同校区的性质有所差异，中国矿业大学文昌校区是一本大学，而武汉文昌学院是二本大学，海口文昌学院则是一所普通本科院校。