二本三本合并对民办大学的影响主要体现在以下几个方面：
提升专业选择自由度
合并本科批次意味着考生在报考时不再受学校等级的束缚，可以更加自由地选择专业。
消除社会歧视
民办高校多被划分到三本批次，常受到歧视。合并批次有助于消除这种社会歧视，提升民办高校的社会地位和认可度。
促进公平发展
合并批次有助于减少因批次划分带来的政策歧视，促进普通高等学校平等竞争，特别是给民办普通高等学校以公平的待遇。
提高招生灵活性
合并后，公办二本与民办二本（原三本）一起招生，录取分数根据学校实力，民办二本也可能高于公办二本，考生可以根据自己的分数和学校优劣选择。
毕业证统一
合并后，所有本科大学的毕业证上均写为本科，不再区分二本或三本，这有助于消除用人单位因批次划分而产生的就业门槛。
志愿填报难度增加
合并后，学校之间的区分难度增大，考生在填报志愿时需要更加谨慎，以选择最适合自己的学校和专业。
总的来说，二本三本合并对民办大学是 利大于弊的。它有助于提升民办高校的社会地位，消除社会歧视，促进教育公平，并给考生提供更多的选择机会。尽管在招生和志愿填报方面存在一定的挑战，但总体而言，这一改革有利于民办高校的长期发展。