民办大学的系主任是 系里的行政领导，主要负责管理系里的老师和同学，包括学生的学习、教学大纲和实践计划的制定、科研方向的梳理、组织学术活动、争取实验室和实验仪器等学术资源、召集各路人马组织学科建设和专业建设的材料，以及申请学位点或开辟新的本科专业等。
在民办大学中，系主任的级别通常为正科级。不过，也有可能出现系主任不是教授的情况，特别是在师资力量较弱的民办本科或高职高专院校中。
此外，系主任在学术和管理方面都有一定的权力和责任。在学术方面，系主任需要和各专业带头人一起制定教学大纲、实践计划，根据现有教师分配课程，梳理科研方向，组织学术活动，争取资源，召集各路人马组织学科建设、专业建设的材料，以申请学位点或者开辟新的本科专业等。在管理方面，系主任负责师资队伍建设，包括统筹确定招聘计划、审核人才简历、召集专家进行人才评价等，并在现有教师管理上有一定的权力。
总的来说，民办大学的系主任在教学和科研方面担任重要角色，负责协调和管理系的日常运作，同时也在学院的管理层中扮演关键角色。