南京理工大学的专业排名如下：
1. 自动化
2. 通信工程
3. 电子信息工程
4. 计算机科学与技术
5. 电气工程及其自动化
6. 机械工程及自动化
7. 武器发射工程
8. 兵器类
9. 光电信息工程
10. 武器系统与工程
11. 探测制导与控制技术
12. 电子科学与技术
13. 特种能源技术与工程
14. 光信息科学与技术
15. 知识产权
16. 经济学类
17. 高分子材料与工程
18. 飞行器设计与工程
19. 热能与动力工程
20. 信息与计算科学
请注意，这些排名信息可能会随着时间和不同评价机构的评估结果有所变化。建议参考最新的官方发布或权威排名数据以获得最准确的信息