二本和三本院校的主要区别在于它们的性质和办学层次：
性质
二本院校：通常是公办高校，录取批次放在第二批。
三本院校：包括独立学院、民办普通本科高校和合作办学本科高校，通常是民办性质。
办学层次
二本院校：具有较高的教育质量和学术水平。
三本院校：虽然也是本科层次，但在教育质量和学术水平上通常不如二本院校。
社会认可度
二本院校：社会认可度较高，就业前景通常较好。
三本院校：社会认可度相对较低，但随着教育改革的深入，三本院校的教育质量也在逐步提高。
录取分数线
二本院校：录取分数线通常较高。
三本院校：录取分数线相对较低，但部分挂靠名牌大学的独立学院录取分数线可能较高。
毕业证书和学士学位证书
二本院校：学生毕业时获得的是公办高校的毕业证书和学士学位证书。
三本院校：学生毕业时获得的是独立学院的毕业证书和学士学位证书，这些证书上会注明独立学院的名称。
合并批次录取
二本三本合并：一些省份已经将原来的本科二批和本科三批合并为一个批次录取，合并后的本科二批分数线相当于曾经的本科三批分数线。这一改革使得三本院校的学生有更多的选择机会，同时也促使学校提高办学质量。
建议
对于考生：在选择二本还是三本院校时，建议考生综合考虑自己的分数、专业兴趣、就业前景等因素。如果分数较高，可以考虑报考二本院校；如果分数相对较低，但希望接受更好的教育，可以考虑三本院校中的一些优质独立学院。
对于院校：三本院校可以通过提高教育质量、加强校企合作、提升社会认可度等方式，逐步提升自身的办学层次和竞争力。同时，三本院校也可以借鉴二本院校的办学经验，加强学科建设，提高学生的综合素质。