三本大学的学费通常比二本大学的学费要高。这主要有以下几个原因：
办学性质：
三本大学多为民办高校，而二本大学主要是公办高校。民办高校的费用通常需要学生全额承担，而公办高校的费用则部分由国家财政承担，因此三本大学的学费相对较高。
国家拨款：
二本及二本以上的高校通常能够获得政府的财政拨款，用于补贴学校的运营费用，包括教师工资、教学设施等。而三本院校由于没有国家财政拨款，其运营费用几乎完全依赖于学费收入，这使得三本院校的学费显著高于二本院校。
发展资金：
重点大学由于其先天优势和发展潜力，通常能够获得更多的政府支持和补贴。三本院校由于缺乏这种支持，往往需要通过提高学费来维持运营和发展，这也导致了学费的增加。
专业差异：
部分专业，如软件工程、金融、土木、医学等，由于市场需求大、教学成本高，学费也相对较高。而一些传统专业，如农学、园林等，由于国家有补贴，学费则相对较低。
综上所述，三本大学的学费普遍高于二本大学，这主要是由于办学性质、国家拨款、发展资金和专业差异等多方面因素造成的。对于学生和家庭来说，选择学校时除了考虑学费外，还需综合考虑学校的教学质量、专业设置和就业前景等因素。