东南大学的部分强势专业包括：
城市地下空间工程
道路桥梁与渡河工程
交通工程
生物医学工程
电子科学与技术
信息工程
机器人工程
网络空间安全
土木工程
建筑学
物流管理
艺术史论
交通运输
城乡规划
建筑环境与能源应用工程
风景园林
工程管理
电气工程及其自动化
自动化
计算机科学与技术。
这些专业在全国的排名中均表现优异，其中机器人工程和电气工程及其自动化专业评级为S，其他专业评级均为A+。此外，东南大学还有其他特色优势专业，如电子科学与技术、网络空间安全、物联网工程、医学影像学、物流管理、人工智能、新能源材料与器件等，这些专业在各自的领域内也具有很高的排名和声誉。