复旦大学本校最好的专业包括哲学、数学、政治学、理论经济学和中国史，这些学科在最新的教育部评级中都获得了A+级评分，位列全国的前2%或前2名。此外，复旦大学的王牌专业还有：
哲学：
在教育部评级中获得了A++，全国排名第2。
数学：
在教育部评级中获得了A++，全国排名第2。
政治学：
在教育部评级中获得了A++，全国排名第1。
中国史：
在教育部评级中获得了A++，全国排名第2。
中国语言文学：
是世界一流学科建设学科。
物理学：
是世界一流学科建设学科。
化学：
是世界一流学科建设学科。
生物学：
是世界一流学科建设学科。
生态学：
是世界一流学科建设学科。
材料科学与工程：
是世界一流学科建设学科。
环境科学与工程：
是世界一流学科建设学科。
基础医学：
是世界一流学科建设学科。
临床医学：
是世界一流学科建设学科。
中西医结合：
是世界一流学科建设学科。
药学：
是世界一流学科建设学科。
机械及航空航天和制造工程：
是世界一流学科建设学科。
现代语言学：
是国家文科基础学科人才培养和科学研究基地。
新闻学：
国家级特色专业，全国排名第1。
广告学：
国家级特色专业。
传播学：
国家级特色专业。
社会工作：
国家级特色专业。
经济学：
国家级特色专业，全国前五。
金融学：
国家级特色专业。
工商管理：
国家级特色专业。
信息：
国家级特色专业。
汉语言文学：
国家级特色专业，全国第三。
预防医学：
国家级特色专业，全国排名第1。
生物科学：
国家级特色专业，全国前五。
国际政治：
国家级特色专业，全国排名第1。
核技术：
国家级特色专业。
31. 管理科学：国家级特色专业。
这些专业在学术研究、师资力量、就业前景等方面都具有较高水平，建议根据个人兴趣和职业规划选择相应的专业。