确实存在有些学校不承认三本大学的情况。虽然三本大学是国家统一招生的本科层次，但仍有少数学校可能因为各种原因不被认可。这些原因可能包括：
学校性质：
三本大学通常是独立院校，而公办学校的学历普遍受到国家承认。尽管有些三本院校后来被并入二本院校，但那些未被合并的三本院校可能仍不被某些用人单位或教育机构认可。
社会认知：
由于三本大学的学费较高，且社会对三本院校的认可度相对较低，一些用人单位可能会对三本院校的毕业生持有偏见，从而影响其就业。
合并政策：
虽然有些三本院校已经并入二本院校，但仍有部分三本院校独立存在。这些学校如果未能成功并入二本，可能会面临不被认可的风险。
教育质量：
三本院校之间教育质量存在差异，一些学校可能因为教育质量不高而不被认可。这种情况下，即使学校是统招的，其学历也可能受到质疑。
建议
选择学校：在选择三本大学时，建议考生和家长仔细了解学校的办学资质、教育质量以及就业前景，以确保选择的学校能够得到广泛认可。
提升自身能力：无论就读于何种类型的大学，学生都应注重自身能力的提升，以增加就业竞争力。
沟通与咨询：如果担心自己的学历不被认可，可以提前与用人单位或相关教育机构进行沟通，了解他们的具体要求和认可标准。
总之，虽然有些学校可能不承认三本大学，但大部分情况下，三本大学的学历还是受到国家承认的。选择学校时，应综合考虑多方面因素，确保自己的学历和能力提升能够满足未来的职业发展需求。