德国南部最好的大学排名如下：
慕尼黑工业大学
慕尼黑工业大学（Technische Universität München, TUM）位于德国南部巴伐利亚州首府慕尼黑，成立于1868年，是一所享有国际盛誉的世界顶尖理工类综合性大学。慕尼黑工业大学是德国九所理工大学联盟（TU9）成员，也是德国首批三所精英大学之一。
慕尼黑大学
慕尼黑大学（Ludwig Maximilian University of Munich, LMU）始建于1472年，是德国和欧洲最杰出、文化气息最浓重的大学之一。慕尼黑大学是德国精英大学和欧洲研究型大学联盟的成员，以34名诺贝尔奖得主在全球院校诺奖排名中排13名。
海德堡大学
海德堡大学（Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg）位于德国巴登-符腾堡州的海德堡市，成立于1386年，是德国最古老的大学。海德堡大学是德国精英大学、欧洲研究型大学联盟、科英布拉集团、U15大学联盟及欧洲大学协会成员。
柏林洪堡大学
柏林洪堡大学（Humboldt University of Berlin, HU Berlin）成立于1810年，是欧洲最负盛名的大学之一，尤其以艺术和人文领域的卓越成就而闻名。
建议：
慕尼黑工业大学和 慕尼黑大学是德国南部最好的两所大学，也是全球知名的高等教育机构，建议优先考虑这两所大学。
海德堡大学虽然排名较高，但在某些排名中可能略逊于慕尼黑工业大学和慕尼黑大学，不过它依然是一所非常优秀的大学，特别是对于理工科学生。
柏林洪堡大学在艺术和人文领域具有很高的声誉，如果学生在这些领域有特别的兴趣，可以考虑这所大学。