民办学校的登记机关主要根据学校的性质（营利性或非营利性）进行区分：
非营利性民办学校：
依据《民办非企业单位登记管理暂行条例》等民办非企业单位登记管理有关规定，到 民政部门登记为民办非企业单位。
营利性民办学校：
依据法律法规规定的管辖权限，到 工商行政管理部门办理登记。
因此，民办大学的登记机关主要取决于其办学性质：
实施本科以上层次教育的非营利性民办高等学校由省级人民政府相关部门办理登记。
实施专科以下层次教育的非营利性民办学校由省级人民政府确定的县级以上人民政府相关部门办理登记。
正式批准设立的营利性民办学校则到工商行政管理部门办理登记。
建议：民办学校在设立时，应根据其办学性质明确登记机关，以确保合规运营。