关于三本毕业院校的书写问题，可以得出以下结论：
毕业院校：
在填写毕业院校时，应填写你实际毕业的 院校名称。无论是独立学院还是民办本科，都应直接填写“某某大学”或“某某学院”。
学位授予单位：
如果你的学位是由某个大学授予的，那么在填写学位授予单位时，应填写这个大学的名称。
毕业证上的标注：
一本和二本大学的毕业证上通常会标注为“某某大学”或“某某学院”，而三本大学的毕业证上会标注为“独立学院”或“民办本科”。
填写建议：
如果毕业证上只有一栏可以填写，建议填写你的最高级别的毕业院校。例如，如果你是专升本，直接填写本科毕业院校即可。
综上所述，三本毕业时，在填写毕业院校和学位授予单位时，应直接填写你实际毕业的院校名称，而不是院系名称。这样既能准确反映你的毕业信息，也能避免因填写不当而带来的混淆。